上海中医药大学创新中药研究院拥有手性药物研究中心、中药现代制剂技术教育部工程研究中心、药物安全评价研究中心等机构，立足于促进创新中药的应用与应用基础研究，为中药研发理论及技术创新提供支撑平台，自主培育研发创新中药，建立并完善科技成果转化和实现知识价值最大化的体制机制。建设目标为构建自主研发创新中药、培育孵化创新中药平台；促进中药学科发展及新药研发创新型人才培养；构建符合创新规律、职能定位清晰的治理机构；完善科研组织方式和运行管理机制，实现与研究方向和发展规律相匹配的分类管理、绩效考核机制，使研究院成为学校促进科技创新、成果转化的示范基地。